Professor Catedrático em Ciência Política (CP), diretor do Doutoramento em CP, 2015-presente data, foi ainda Diretor da Licenciatura em CP, 2009-2015, Iscte – Instituto Universitário de Lisboa. É Investigador do CIES-Iscte. Tem lecionado e/ou apresentado conferências como convidado em várias universidades portuguesas e estrangeiras. Freire tem dirigido vários projetos de pesquisa sobre ideologia, comportamento eleitoral, instituições e reformas políticas, e ainda sobre representação política. Sobre estes assuntos tem publicado abundantemente, nacional e internacionalmente.  Foi colunista regular do Público, 2006-2016, e foi colunista do Jornal de Letras, 2017-2021, além de outras colaborações ocasionais nos mass media, e tem sido perito e consultor convidado de várias instituições nacionais (FCT, A3ES, DGAI-MAI, AR, etc.) e europeias.